I manutentori dei pacchetti vengono avvertiti dei problemi di sicurezza. Ciò porta a molte installazioni di servizi "sicuri in modo predefinito", cosa che può comportare, talvolta, alcuni limiti al loro normale uso. Comunque Debian tenta di bilanciare la sicurezza con la facilità d'amministrazione, ad esempio i programmi non vengono installati disattivati, come invece accade nella famiglia di distribuzioni BSD. In ogni caso, potenzialmente importanti problemi di sicurezza, come i programmi con il
setuid
attivo, sono parte della
http://www.debian.org/doc/debian-policy/.