Untuk mematikan sistem Debian GNU/Linux yang sedang berjalan, Anda tidak boleh reboot dengan sakelar reset di bagian depan atau belakang komputer Anda, atau mematikan saja komputer. Debian GNU/Linux harus dimatikan dengan cara yang terkontrol, jika tidak, berkas mungkin hilang dan/atau kerusakan disk mungkin terjadi. Jika Anda menjalankan lingkungan desktop, biasanya ada opsi untuk “keluar” yang tersedia dari menu aplikasi yang memungkinkan Anda untuk mematikan (atau me-reboot) sistem.

Atau Anda dapat menekan kombinasi tombol Ctrl+Alt+Del . Jika kombinasi tombol tidak berfungsi, opsi terakhir adalah masuk sebagai root dan ketik perintah yang diperlukan. Pakai reboot untuk me-reboot sistem. Pakai halt untuk menghentikan sistem tanpa mematikannya ^[15]. Untuk mematikan mesin, gunakan poweroff atau shutdown -h now. Sistem init systemd menyediakan perintah tambahan yang melakukan fungsi yang sama; misalnya systemctl reboot atau systemctl poweroff.